De retour à Santiago, en février 1936, il commence son apostolat parmi les jeunes, en particulier au collège Saint Ignace et à l’Université catholique. Mais il ne se limite pas au niveau académique. Plusieurs fois par an, il prêche des retraites, non seulement aux jeunes, mais aussi aux adultes, qu’il invitait à se rencontrer coeur à coeur avec le Seigneur, pour rechercher sérieusement sa volonté. Une de ses phrases est restée célèbre : " Tout chrétien doit aspirer à faire ce qu’il fait comme le Christ le ferait à sa place ".

En 1941, il publia un livre resté fameux : Le Chili est-il un pays catholique ?. Avec une clairvoyance, un optimisme et un courage remarquables, il ouvre les yeux d’un grand nombre de catholiques sur la réalité du catholicisme au Chili. Un des problèmes les plus graves, écrivait-il, est le manque de vocations sacerdotales. À l’époque, l’humanité connaissait de profondes transformations, des idéologies totalitaires opposées se disputaient le monde, la seconde Guerre Mondiale ensanglantait l’Europe. Le P.Hurtado, angoissé devant les horreurs de cette guerre, cherche déjà comment reconstruire, avec le Christ, le monde d’après-guerre.

Au début de cette même année, il est nommé aumônier diocésain de l’Action catholique des Jeunes, ce qui étendit son apostolat aux élèves des lycées publics, mais sa fécondité pastorale le fait nommer quelques mois plus tard aumônier national de cette même branche de l’Action catholique. Il parcourt le pays en organisant des groupes et prêchant des retraites, non seulement aux jeunes mais également à leurs aumôniers. C’était l’époque des grandes processions aux flambeaux : des milliers de jeunes montaient jusqu’aux pieds de la statue de la Vierge sur la butte San Cristobal qui domine Santiago. Il leur disait : " Si le Christ descendait dans cette nuit pleine d’émotions, il répéterait en regardant la ville : ‘J’ai pitié d’elle’ et, en vous regardant, il vous dirait avec une infinie douceur : ‘Vous êtes la lumière du monde... C’est vous qui devez illuminer ces ténèbres. Voulez-vous m’aider ? Voulez-vous être mes apôtres ? ".

Mais son orientation n’est pas bien comprise, il commence à sentir qu’il n’a plus la confiance de l’aumônier général. Les tensions et les désaccords l’amènent à présenter sa démission en avril 1942, démission qui n’est pas acceptée par les évêques chiliens.

Il continue donc son apostolat. En février 1943, il s’embarque pour le région de Magellan pour y former l’A.C. dans la ville la plus australe du monde ; il visite Puerto Natales, Porvenir et Punta Arenas. Cette visite fut si féconde que les relations entre les autorités locales et l’Église s’améliorèrent nettement et qu’un congrès eucharistique put s’y célébrer peu après. Cependant les incompréhensions vis-à-vis de l’orientation donnée à l’A.C. par le P.Hurtado se répètent au point que finalement celui-ci présente sa démission sans appel, le 10 novembre 1944. Ce fut dur pour lui, car il attendait beaucoup de l’Action catholique. De nombreux évêques, dont Mgr Caro, archevêque de Santiago, l’appuyaient. L’opposition venait d’un ami, ancien compagnon d’université, celui qui l’avait fait nommer. Cette situation amère, qu’il accepta héroïquement, fut pour lui l’occasion de mûrir spirituellement.