Voltando a Santiago, em fevereiro de 1936, começa o seu apostolado com os jovens, de modo especial, no Colégio Santo Inácio e na Universidade Católica. Mas, a tarefa educativa do Pe. Hurtado não se limita só às aulas; o carisma deste apóstolo atrai os jovens mais além dos compromissos acadêmicos. Promove o serviço aos mais pobres, porque "ser católicos eqüivale a ser sociais". Ao mesmo tempo, dá grande importância aos retiros espirituais. Várias vezes, durante o ano, impelirá diversos grupos, de jovens e adultos, a um encontro profundo com o Senhor e a buscar com seriedade a vontade de Deus. Num destes retiros afirma: "Todo cristão deve aspirar sempre a isto: a fazer o que faz, como Cristo faria no seu lugar…".

Seu amor ao sacerdócio e à eucaristia fica retratado num seu formoso testemunho: no ano de 1937, em San José de la Mariquina, um missionário capuchinho observa-o celebrar a Missa, e chama-lhe tão poderosamente a atenção "que dizia não ter visto nunca uma celebração da missa tão edificante, que se fossem assim os sacerdotes chilenos, deveriam ser todos santos".

Nos inícios de 1941, o Pe. Hurtado é nomeado assessor da Ação Católica de jovens de Santiago. A A.C. fora impulsionada em 1923 pelo Papa Pio XI, e significou um decidido impulso à participação ativa dos leigos na Igreja. Trabalho também com alunos de liceus públicos de Santiago.

No mesmo ano de 1941, publica um livrou que marcou uma época: É o Chile um país católico?, que, com grande agudeza, otimismo e valentia, abre os olhos de muitos católicos acerca da verdadeira situação do catolicismo no Chile, assinalando o grave problema da escassez de vocações sacerdotais. É um tempo de profundas transformações, o mundo é disputado por ideologias opostas e totalitárias, enquanto a Europa dessangra-se na Segunda Guerra Mundial. O Pe. Hurtado estremece-se diante dos horrores da guerra, mas, além disso, começa a pensar em como reconstruir, com Cristo, o mundo da pós-guerra.

A sua fecundidade pastoral leva-o, aos poucos meses, a ser nomeado Assessor Nacional da Ação Católica Juvenil. Percorre o país organizando os grupos e pregando retiros. É o tempo das grandes procissões de archotes aos pés da imagem de Maria Santíssima, no Cerro San Cristóbal, com milhares de jovens. Neste contexto, apela à generosidade dos jovens: "Se Cristo descendesse nesta noite escaldada de emoção, repetiria, olhando a cidade escura: 'Tenho compaixão dela', e dirigindo-se a vocês diria com ternura infinita: 'Vocês são a luz do mundo… Vocês são os que devem iluminar estas trevas. Querem colaborar comigo? Querem ser meus apóstolos?'".

O seu trabalho não é compreendido, e começa a sentir que não conta com a confiança do Mons. Salinas, seu amigo da Universidade, e Assessor Geral da A.C. Devido a este clima de discrepâncias e tensões, em abril de 1942, apresenta a renúncia ao cargo de Assessor Nacional da Ação Católica, renúncia que é rechaçada pelos bispos chilenos.

O trabalho continua: em fevereiro de 1943, zarpa para Magallanes, para forma a A.C. na cidade mais austral do mundo, visitando Puerto Natales, Porvenir e Punta Arenas. A fecundidade desta visita permitirá a celebração posterior de um Congresso Eucarístico e uma mudança de ambiente em relação com a Igreja.

Posteriormente, seguir-se-ão suscitando incompreensões e divergências com Mons. Salinas. As críticas que se repetem são falta de espírito hierárquico, idéias avançadas no campo social e uma certa independência a respeito do resto dos ramos da A.C. Isto motiva, finalmente, que renuncie, irrefutavelmente, ao seu cargo, em novembro de 1944. A situação deve ter sido muito dura para ele, dado que tinha muitas esperanças postas na Juventude Católica, e, por outra parte, a oposição não vinha 'da hierarquia', pois contava com o apoio e a admiração de numerosos bispos, entre eles, o Cardeal Caro; a oposição vinha do seu próprio amigo Augusto Salinas. Esta amarga situação, heroicamente aceitada, foi a ocasião de uma grande maturação espiritual para o Pe. Hurtado.